Pada tahun 1936, Kerajaan Negeri Kedah menubuhkan Majma’ Masyikhatil Islam      ( مجمع مشيخة الإسلام ) sebagai menggantikan jawatan Syeikhul Islam ( شيخ الإسلام ) itu. Majma’ Masyikhatil Islam ( مجمع مشيخة الإسلام ) mempunyai tiga orang anggota iaitu pengerusi dan dua orang anggota yang lain. Dalam sistem Majma’ Masyikhatil Islam ( مجمع مشيخة الإسلام ) keputusan dasar mengenai urusan agama dirujuk daripada persidangan ini. Gelaran Majma’ Masyikhatil Islam ( مجمع مشيخة الإسلام ) telah digunakan pada tahun 1936 sehingga tahun 1964. Antara tokoh yang dipertanggungjawabkan untuk memegang jawatan ini ialah Qadi Besar Sheikh Ahmad Wakas, Sheikh Mahmud Mohd. Noh dan Sheikh Haji Abdul Rahman bin Abdul Latif.

            Seterusnya pada tahun 1965, kuasa untuk mengeluarka Fatwa telah diberikan kepada Jawatankuasa Fatwa. Oleh itu, KDYMM Tuanku Sultan telah melantik seorang yang layak untuk menjadi Pengerusi Jawatankuasa Fatwa bagi menggantikan Majma’ Masyikhatil Islam ( مجمع مشيخة الإسلام ). Jawatan tersebut terdiri daripada seorang pengerusi, dua orang atau tidak lebih daripada enam orang Ahli Majlis. Gelaran Pengerusi Jawatankuasa Fatwa telah digunakan pada tahun 1965 sehingga tahun 2000.

            Jawatankuasa Fatwa terdiri daripada beberapa orang ulama’ manakala Pengerusi Jawatankuasa Fatwa akan bertindak sebagai ketua dalam mengeluarkan sesuatu hukum. Antara tokoh yang dipertanggungjawabkan untuk memegang jawatan ini ialah Sheikh Haji Abdul Rahman bin Haji Abdul Latif (1965), Sheikh Mahmud bin Haji Noh (1966), Dato’ Sheikh Abdul Halim bin Haji Othman (1967-1973), Dato’ Paduka Syeikh Abdul Majid bin Mohd. Noor (1973-1978), Dato’ Haji Abdul Rahman bin Abdullah (1979-1987) dan Dato’ Padukan Syeikh Abdul Majid bin Mohd. Noor (1988-2000).

            Jabatan Mufti Negeri Kedah Darul Aman ditubuhkan di bawah Seksyen 35 Undang-Undang Pentadbiran Agama Islam Nombor 9 Tahun 1962. Berdasarkan Waran Perjawatan Bilangan 3/1998 rujukan ; PSU(K)401/1406 Jld.3 / (40) bertarikh 15 Muharram 1419 bersamaan 12 Mei 1998, kelulusan untuk pewujudan jawatan baru dan perubahan tanggagaji / emolument diberikan mengikut Perkara 112 Perlembagaan Persekutuan.

            Kelulusan ini berkuatkuasa pada 25 September 1996. Disebabkan tiada peruntukan dalam Enakmen Pentadbiran Agama Islam Nombor 9 Tahun1962 yang membolehkan dilantik seorang ‘Mufti’, maka pelantikan secara rasmi tidak boleh dilaksanakan. Walau bagaimanapun, untuk kelicinan pentadbiran maka Kerajaan Negeri Kedah menawarkan jawatan MUFTI secara kontrak selama 2 tahun kepada Yang Berbahagia Sohibus Samahah Dato’ Setia Jaya Dato’ Paduka Syeikh Abdul Majid bin Mohd. Noor dalam Gred S1 (Terbuka). Di atas kedudukannya sebagai Pengerusi Jawatankuasa Fatwa maka kerajaan negeri bersetuju memberi kebenaran kepada beliau untuk untuk menjalankan tugas-tugas sebagai Mufti Negeri mulai 1 Julai 1998.

            Pada 7 Jun 1999, wakil dari Majlis Agama Islam Kedah (MAIK) diketuai oleh YB. Dato’ Setiausaha Kerajaan Negeri Kedah, YAA Dato’ Ketua Hakim Syarie Negeri Kedah, Tuan Setiausaha Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Negeri Kedah dan Penolong Setiausaha Kerajaan (Cawangan Perkhidmatan) telah mengadap KDYMM Tuanku Sultan Kedah bertujuan mempersembahkan cadangan mesyuarat Majlis Agama Islam Kedah untuk melantik secara rasmi Sohibus Samahah Dato’ Setia Jaya Dato’ Paduka Syeikh Abdul Majid bin Mohd. Noor, bagi menjawat jawatan Mufti Negeri Kedah menggantikan jawatan Pengerusi Jawatankuasa Fatwa.

            Bermula pada 1 Januari 2000 pentadbiran jabatan ini dipisahkan sepenuhnya daripada Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Kedah (dibawah Maksud Perbelanjaan B 46) namun masih merujuk kepada Undang-Undang Pentadbiran Agama Islam Nombor 9 Tahun 1962 sehingga pindaan dibuat pada 3 Ogos 2000 di mana jawatan Mufti Negeri Kedah diwartakan di dalam warta kerajaan dari perkataan ‘Pengerusi Jawatankuasa Fatwa’ kepada ‘Mufti’ Gred S1 (Terbuka). Oleh yang demikian, pada 1 September 2000 Undang-Undang Pentadbiran Agama Islam No. 9/1962, Seksyen 35(Pindaan) menggantikan gelaran ‘Pengerusi Jawatankuasa Fatwa’ kepada ‘Mufti’. Gelaran ‘Mufti’ telah digunakan pada tahun 2000 sehingga kini.   

            Penggredan semula jawatan Mufti daripada Gred S1 (Terbuka) kepada Gred Utama ‘C’ (VU7) diluluskan berkuatkuasa pada 1 Januari 2002 ( Rujukan;PSU(K)712/1390(56) bertarikh 1 April 2003) manakala jawatan Timbalan Mufti (Pegawai Hal Ehwal Islam Gred S48) telah diluluskan melalui kelulusan Perjaatan Bilangan 136 Tahun 2002 dan Waran Perjawatan Bilangan 8/2003 berkuatkuasa 15 Oktober 2002 (Rujukan; PSU(K) CP 242-1401 B 46(27) bertarikh 9 Rabiul Akhir 1424 bersamaan 10 Jun 2003). Bagi jawatan-jawatan yang lain turut dibuat pengisian dari semasa ke semasa dan diisi sepenuhnya pada tahun 2000.

            Apabila pindaan undang-undang tersebut diwartakan, Sohibus Samahah Dato’ Mursyid DiRaja Dato’ Paduka Syeikh Abdul Majid bin Mohd. Noor terus berkhidmat secara rasmi sebagai Mufti Negeri Kedah Darul Aman sehingga 30 Jun 2002. Mulai 1 Julai 2002, KDYMM Tuanku Sultan telah perkenan melantik Sohibus Samahah Dato’ Paduka Syeikh Hasbullah bin Haji Abdul Halim menjadi Mufti Negeri Kedah yang kedua sehingga Jun 2009. Kemudian KDYMM Tuanku Sultan telah perkenan melantik Sohibus Samahah Dato’ Paduka Syeikh Muhamad Baderudin bin Haji Ahmad menjadi Mufti Negeri Kedah yang ketiga mulai 1 Julai 2009 hingga 19 Julai 2017. Seterusnya KDYMM Tuanku Sultan telah perkenan melantik Sohibus Samahah Dato’ Syeikh Fadzil bin Haji Awang sebagai Mufti Negeri Kedah yang keempat mulai 20 Julai 2017 sehingga kini.

            Bagi memantapkan lagi pentadbiran Jabatan Mufti Negeri Kedah maka suatu enakmen baru digubal khusus berkaitan bidang kuasa Jabatan Mufti Negeri Kedah dan hal-hal yang berkaitan dengannya. Oleh itu, pada 18 November 2007 Enakmen Mufti dan Fatwa (Kedah Darul Aman) 2008 telah diluluskan di dalam Dewan Undangan Negeri Kedah Darul Aman setelah mendapat perkenan KDYMM Tuanku Sultan.

            Dengan berkuatkuasa enakmen tersebut pada 1 April 2008, pentadbiran institusi fatwa di Negeri Kedah diperkemaskan lagi dengan keanggotaan Jawatankuasa Fatwa yang terdiri daripada Mufti sebagai Pengerusi, Timbalan Mufti sebagai ahli, tiga orang anggota Majlis, dan tidak kurang daripada dua dan tidak lebih daripada enam orang lain, yang layak dan sesuai dilantik oleh KDYMM Tuanku Sultan atas nasihat Mufti serta seorang pagawai dari Jabatan Mufti sebagai Setiausaha.

            Fungsi utama jabatan ini adalah sebagai agensi yang menyelaras dan membangun fatwa yang mantap berpandukan Al-Quran dan As-Sunnah, Ijmak’ dan Qiyas berpegang kepada Aqidah Ahlus Sunnah Wal Jamaah. Selain itu, agensi ini juga turut berperanan menyelesaikan kemusykilan agama yang timbul dalam kalangan masyarakat khusus di negeri Kedah di samping beberapa tugas lain seperti urusan penentuan arah kiblat dan pengeluaran Sijil Tauliah Mengajar Agama Islam Negeri Kedah.